Die wichtigsten Teil des alten Franziskanerklosters waren die dreischiffige Kirche, der Chor, die Kreuzgänge, das Kleine und das Große Schlafhaus. Die dreischiffige Kirche war mit Ausnahme des Chores nicht gewölbt. Das Schiff zeigte nach Westen, der Chor nach Osten. Der Chor wurde 1283 erbaut und war älter als das Hauptschiff. Der Hauptbestandteil des Chores war der Hochaltar mit einem großen Kreuz. Der Binnenkreuzgang bestand aus drei Teilen: dem östlichen, südlichen und westlichen Kreuzgang und umschloß damit den Kreuzhof

Der Kreuzgang war zum Innenhof hin geöffnet. Die Grundmauern hatten starke Ausmaße, da sie neben dem Kreuzgang auch noch das erste Stockwerk tragen mußten.

Das Große Schlafhaus erstreckte sich von dem Chor der Kirche bis zu dem Kleinen Schlafhaus. Im 17. Jahrhundert wurden drei Giebel zugefügt. Im großen Schlafhaus befanden sich das Cellarium (Klosterzelle), das Refektorium (Speiseraum), das Auditorium (Hörsaal), der Kapitelsaal (Versammlungsraum), die Sakristei (Nebenraum der Kirche), sowie die Bibliothek und die Schlafräume der Mönche.

In dem Kleinen Schlafhaus, welches parallel zu der Kirche stand, befanden sich ebenfalls Schlaf- und Speiseräume. Im Laufe der Zeit wurden verschiedene Gebäude- bzw. Klosterteile abgerissen. Von dem Kloster ist nur die südliche Chorwand erhalten geblieben, die jetzt die nördliche Außenmauer des naturwissenschaftlichen Traktes der Großen Stadtschule bildet.

Das Schulgebäude steht auf dem Großen und Kleinem Schlafhaus. An der Stelle, wo einst der Chor, Teile der Kirche,und kleine, nebenstehende Klostergebäude (Brauhaus, Küsterwohnung) waren, ist heute die Sporthalle und ein Teil des Schulhofes zu finden.

Unter dem Schulhof liegen auch die Fundamente der Kreuzgänge. Bei Bau- und Restaurierungsarbeiten Anfang 1996 wurden bedeutende Entdeckungen wie Mauerreste und Knochenfunde gemacht, welche die Geschichte des Klosters und die Anordnung der einzelnen Klostergebäude bestätigen.